距離掌握基礎科研精粹的大門,你還差這一把“祕鑰”

解螺旋2019-05-22 08:10:25

信號通路是基礎科研的精粹所在,而掌握通路浩瀚數據的鑰匙就是KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)。KEGG——京都基因與基因組百科全書,是日本京都Kanehisa Laboratories根據文獻證據手工整理的一個龐大數據庫(包括信號通路、基因、疾病、藥物等等)。


KEGG有別於其他數據庫的一個顯著特點就是具有強大的圖形功能,它利用直觀圖形而不是繁縟的文字來介紹眾多的代謝途徑以及各途徑之間的關係,簡單明瞭。但初見KEGG也不是這麼好用的,因為日本人清奇的腦回路,很(sang)貼(xin)心(bin)的(kuang)在網站裏放了16個子數據庫。



大多數人看到這裏就嚇懵了,但其實根本不用方,一般醫學科研人員要用的功能很簡單。也就是……

1) 根據疾病或者表型找相關通路

2) 根據確定的分子查詢相關通路

3) 根據差異分子列表構建通路網絡


疾病 & 通路



單分子 & 通路




一組分子 & 通路



通路解讀 & 分析


以上內容大家按需取用,找到通路後,課裏還講了對於找到通路後怎麼看,通路里的數據要怎麼分析。真正的包教包會,一條龍服務。




學完上面這些就結束了?too naïve,解螺旋的風格一向是加量不加價,除了KEGG外,還講怎麼從GEO找數據,一菜雙吃,餵飽為止。



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