學好Oncomine,觸摸腫瘤數據挖掘

解螺旋2019-05-18 07:05:09

腫瘤數據挖掘,Oncomine好用到爆。那麼這份Oncomine經典“食用”教程,請速收藏之。



腫瘤,一直以來都是科研者堅持不懈的攻關對象,近年來該領域更是老樹新花驚喜不斷,腫瘤相關研究數據也是呈井噴式增長。然而這些腫瘤數據的信息挖掘仍處於淺嘗輒止的狀態,目前很多功能未知的基因仍是一片藍海,靜待有心人來挖掘。


而Oncomine數據庫作為腫瘤領域中經典樣本數據庫,涵蓋了65個基因芯片數據集、4700個芯片及4億8千萬個基因表達數據,可用於分析基因表達差異、尋找離羣值、預測共表達基因等,並可根據腫瘤分期、分級、組織類型等臨牀信息進行分類,有利於發現新的生物標記物或新的治療靶點。


顯然,坐擁最全的癌症突變譜、基因表達數據以及相關的臨牀信息的Oncomine數據庫,着實科研者研究腫瘤的一把利器。


因此,為了讓零基礎的臨牀醫生快速入門Oncomine數據庫,解螺旋研發的科研技能單元課01《Oncomine數據庫使用教程》重新升級改版,以視頻的形式細述了該數據庫的各項功能,包括註冊、檢索、分析等操作步驟,並以實例演示基因差異表達分析、基因表達與臨牀相關性以及多基因共表達分析三種常見應用,鉅細無遺,堪稱傻瓜式教程。


基因表達差異分析



在以非營利郵箱(如學校或研究機構郵箱)註冊並登錄該數據庫後,既可檢索基因表達譜差異,挖掘具有研究價值的靶分子,也可檢索特定研究靶分子,分析其在腫瘤中的表達情況。


首先,以乳腺癌為例檢索基因表達譜差異。



其次,以KDM5D為例,檢索特定研究靶分子以及其在乳腺癌中的表達情況。



基因表達與臨牀相關性


Oncomine數據庫收錄的信息大多包括臨牀病例信息,因而也可對基因表達與臨牀相關性進行分析。而課程中也以CPSF7在乳腺癌中的分析為例,通過實際操作演示基因表達與生存狀態關聯分析以及腫瘤分期分析。


1.生存狀態分析



2.腫瘤分期分析



3.其他



多基因共表達信息查詢



如此,先跟着視頻課程中的教程原封不動的操作一遍,熟悉Oncomine操作流程,隨後將相應分子轉換為自己所研究的癌種和分子,再做一遍,即可掌握該數據庫的常規應用分析。此外,課後還有豐富的練習數據,學員們通過不斷的鞏固學習就可實現從懵懂到透徹的質變。


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