尋找ceRNA網絡哪家強,starBase幫你忙!

解螺旋2019-05-18 07:05:04


解螺旋公眾號·陪伴你科研的第1842天


Starbase説,查詢ceRNA,我可是個好幫手。


ceRNA是真核生物體內存在的一種具有相同miRNA反應結合元件的多個RNA分子競爭性的與miRNA結合,從而形成的一種相互調節機制。


由於miRNA調控的RNA(可以是mRNA、lncRNA或者circRNA)非常的多,而一個RNA又受多個miRNA調控,這就使得ceRNA調控在細胞內非常的普遍。


今天給大家介紹通過starbase這個超好用的數據庫工具尋找ceRNA。網址還是http://starbase.sysu.edu.cn/ 哦!


通過這個工具,可以搜索mRNA-mRNA的ceRNA網絡,lncRNA與lncRNA或mRNA的ceRNA網絡,假基因pseudogene與lncRNA或mRNA的網絡



與前面兩期介紹的左邊的過濾欄不一樣,尋找ceRNA機制主要篩選條件是包含的miRNA數目、p或FDR值,然後就是在TCGA中的數據支持情況



需要説明的是,儘管在starbase中ceRNA網絡有3種尋找形式,但展示結果的界面一樣,使用和查看的方法也就一樣了。


以“HOTAIR”為例,看看lncRNA的ceRNA網絡如何。



如果你現在手上有正在做的基因,如果想看看有沒有ceRNA機制可以挖掘,可以試試這個功能。輸入基因,然後在結果內再搜索!


點擊“HitMiRnum”可以查看包含的miRNA家族及其包含的具體miRNA。

    


點擊“Pan-Cancer”可以查看該ceRNA在TCGA 32個腫瘤中的相關性情況,並可查看



關於如何使用starBase這個工具尋找潛在的ceRNA機制就介紹到這裏了,如果你對如何做實驗驗證,以及更深入的研究方法感到困惑,歡迎加入解螺旋40周體系化課程,讓解螺旋助你一臂之力!


END


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