乾貨 |  如何更準確地為miRNA找基友

解螺旋2019-04-15 19:14:27



解螺旋公眾號·陪伴你科研的第1815天


我們又開新坑啦~


有一個感興趣的miRNA,如何找到靶基因?不用猜,starBase幫你篩!(http://starbase.sysu.edu.cn)


例如2019年1月JCI報道了miR-155這個miRNA與腫瘤免疫有關,現在想看看這個miRNA有哪些靶基因?如何操作?


1. 在網站的左側欄找到如下圖的過濾器,輸入miRNA名時無須考慮大小寫即可搜索到該miRNA。



2. 以下步驟則是通過添加多種數據條件設置對靶基因進行過濾篩選。先看通過其他組學的數據進行篩選,如CLIP、降解組學、Pan-Cancer。CLIP Data和Degradome Data,這兩個選項設置得越嚴格,篩選出來的結果越少。


Pan-Cancer選項中,設置的腫瘤數表示該interaction至少要在N個腫瘤中存在,設置的數值越大,篩選出來的結果也會越少。



3. 以下步驟則是通過預測軟件條件設置對靶基因進行過濾篩選。Program Number表示該interaction要在至少在N個軟件的預測結果中存在,設置的數值越大越嚴格。


Predicted Program展示的都是知名預測軟件,可以自己選擇幾個過濾,默認條件是將7個預測軟件的預測結果都納入到統計中。



最下面的一個選項則根據自己的需求添加,如果想看這個miRNA與自己感興趣的一個基因間是否有interaction,則輸入基因名;盲篩尋找靶基因的時,則空着如下就行。



點擊submit後結果如網頁展示如下圖:



操作到這裏,就可以找到這條miRNA可能能靶向的基因了,可以對結果進行搜索,看看是否有你感興趣的基因。


在結果展示框中,點擊GeneName下黃色框則可查看詳細信息如圖:



點擊預測工具名下的黃色框框,可查看詳細信息如下圖所示,綠色框框表示該軟件認為miRNA和靶基因沒有interaction。



點擊上圖中的【11】,展示如下圖所示的結果:



操作就到這裏了,這個工具用熟練了就很方便地根據多個數據和軟件進行篩選。祝大家篩選順利!


相關文章


starBase 3.0王者歸來,研究RNA必備神器!


乾貨 | 常用microRNA靶基因預測工具


END


以上掃碼價格還包含一年酸談學社看課權限,如已是解螺旋40周學習計劃學員,可直接在選修課列表購買禮包,價格是原價的2.5折。

點下“在看”,多根頭髮

https://hk.wxwenku.com/d/200134034